นักประวัติศาสตร์เชื่อว่ามาชูปิกชูสร้างขึ้นในยุครุ่งเรืองของอาณาจักรอินคา โดยสร้างขึ้นในสไตล์อินคาคลาสสิก โดยมีกำแพงหินแห้งขัดเงา นักโบราณคดียุคใหม่หลายคนเชื่อว่ามาชูปิกชูทำหน้าที่เป็นราชสำนักของจักรพรรดิและขุนนางชาวอินคา